Selçuklular , Afrika dışında bütün İslam Dünyası’na ve yeni fethedilen Anadolu’ya hakim olmuş bu geniş topraklar üzerinde siyasi birlik kurmuşlardı. Selçuklu sultanları hakim oldukları yerlerde sadece siyasi birlik kurmakla kalmayıp dini birliği de tesis etmeye çalıştılar. Çünkü bu dönemde özellikle Sünniler ile Şiiler arasında mezhep ihtilaflarının arttığı , yıkıcı Batıni faaliyetlerin hızla çoğaldığı bir dönem idi. Selçukluların Sünniliği benimseyerek çoğunlukla Hanefi mezhebine girmeleri ; itikadi yönden de aslen Türk olan Semerkant’lı Ebu Mansur Maturidi (h.332 – m.944 ) nin kurduğu Maturidiyye mezhebini tercih etmeleri İslam dünyasında yeni gelişmelere zemin hazırladı.
Selçuklular sünni akidesini tercih etmeleri aynı anlayışın mümessili olan Abbasi halifeleri ile aynı safta yer almalarına sebep olmuştur. Böylece bu ortak bağ siyasi ve askeri faaliyetlerin ana unsuru haline geldi. Tuğrul Bey ve halefleri Sünni İslam dünyasını ve Abbasi halifelerini gayri Sünni düşünce ve akımlara karşı koruma görevini üstlendiler. Bu durum Selçuklularla Fatımiler arasında sürekli mücadelenin ortaya çıkmasına neden oldu. Bununla beraber Selçuklular mutedil görüşlü Şiileri korumayı ihmal etmediler. Bu devirde Suriye , Halep , Kufe , Kum , Kaşan, Mazenderan , Taberistan , Gürcistan , Dehistan hatta Sünni hilafet merkezi Bağdat şii nüfusun yoğun olarak yaşadığı yerlerdi. Selçuklu Sultan ,Emir ve Beyleri şii imamların türbelerini ziyaret , inşa ve tamir ederek , ayin ve merasimlere katılarak mutedil şiilere karşı bir düşmanlıkları olmadığını gösteriyorlardı.Ne yazık ki aşırı şii ve Batıni faaliyetler bu mutedil şiiler arasında tesirini göstermiş ve cahil halk Mısır Batınilerinin gönderdikleri dailerin ifsat ve kışkırtmalarına kapılmışlardır. 46
Babinger “Anadolu’da İslamiyet” isimli makalesinde : “Birçok deliller gösteriyor ki Rum Selçukileri şiidirler, yani tek kelime ile alevi idiler “ diyerek Anadolu Selçukluları’nın Şiiliğini iddia etmişse de Akaid-i Ehli Sünnet adlı eserin müellifi Ömer bin Muhammed bin es-Savi ve büyük aim ve mutasavvıf Necmüddin Razi’nin beyanları bu iddiayı çürütmektedir. Fakat Babinger’in iddiasında, Anadolu Selçukluları’nın mutedil Şiilere ve diğer inançlara ne kadar müsamahakâr bir şekilde davrandıklarına açık delildir denilebilir.
Gezgin İbn-i Batuta’nın ifadelerinden Anadolu’nun kahir ekseriyetinin ehlisünnet olduğu anlaşılıyor.47 Şiilik özellikle Moğolların Anadolu’yu istila etmelerinden sonra hızla yayılmış ve İran ve Irak’taki Şiilikten farklı bir hüviyete kavuşmuştur. Köylerde ve taşrada yaşayan çoğu Türkmen olan halkla şehirlerde yaşayan ve içlerinde İran’lı unsurların bulunduğu halk arasında dini telakkilerde az çok farklılıklar görmek mümkün idi. Medreseler ve diğer dini ve içtimai müesseselerin şehirlerde olması , şehirlerde oturanların biraz daha yüksek dini kültüre sahip olmalarını sağlıyordu. Buna mukabil şehirlerin dışında kalan ve dini bilgileri oldukça zayıf , ananelerine çok bağlı Türkmenler ise daha çok Türkmen şeyh ve dervişlerin tesirinde bir dini hayat sürüyorlardı.