10. yüzyıl İslam coğrafyacılarının haberleri , Uygurlar içinde Maniheizm’in oldukça yayıldığını göstermektedir.8. yüzyılın ikinci yarısından itibaren hiç olmazsa 13. yüzyıla kadar varlığını muhafaza ettiği anlaşılıyor. Bu uzun müddet içerisinde Maniheizm’in Uygurlar üzerinde hatırı sayılır etkileri özellikle içtimai ve kültürel alanda hasıl ettiği değişiklikler olacaktır.
Maniheizm’ in Uygurlar’da ne ölçüde tesirler bıraktığını anlamak için Böğü Kaan’ın dine giriş menkıbesiyle, Cüveyni tarafından kaydedilen “menşe efsanesine” bakmak yeterlidir. Her ikisinde de Maniheizm’in ana unsuru Nur (ışık) motifini kuvvetle sezmemek mümkün değildir.
Maniheizm’in Türkler üzerindeki etkisi gerçekte sanılandan çok fazladır. Mesela yeni buluğa ermiş bir gencin topluluğa kabul edilmesi için yapılmakta olan merasimin Kızılbaş ve Alevilerdeki “oğlan ikrarı“ ayini ile karşılaştırılması sonunda görülen benzerlikler şaşılacak derecede fazladır. Bu ve daha birçok husus, hem Bektaşi , hem de Kızılbaş zümrelerindeki dini teşkilat ve ayinlerin geniş ölçüde maniheist damga taşıdığına şüphe bırakmıyor.
Maniheizm’in bu kuvvetli etkisinin Anadolu’ya göçlerle intikal ettiğine ve bazı Türk tarikatlarının teşekkülünde önemli payına Fuat Köprülü işaret etmiştir. Bektaşiliğin ve Aleviliğin temel prensiplerinden olan “ elin, belin, dilin muhafazası” kaidesinin ,Maniheizm’de ki “ağza, ele, bele mühür” kaidesiyle alakalı olduğu tarihi bir gerçektir.