Asıl adı Lütfullah olup Molla (Sarı, Deli, Maktul) Lutfi diye tanınmıştır.
1446’da Tokat’ta doğdu. İlköğrenimini zamanın âlimlerinden olan babası Kutbüddin Hasan’dan aldı. Sonra İstanbul’a giderek Sinan Paşa’dan mantık, felsefe, kelâm ve onun yönlendirmesiyle Ali Kuşçu’dan matematik okudu. Fâtih Sultan Mehmed tarafından saray kütüphanesine hâfız-ı kütüb olarak tayin edildi. Böylece buradaki nâdir eserleri inceleme imkânı elde edip birçok ilim dalında görüş bildirecek bir düzeye ulaştı. Bu sırada padişahla da -şakalaşacak kadar- yakın dostluk kurdu.
Ancak bu dostluk uzun sürmedi; vakıf kitaplarına hıyanet suçlamasıyla önce kütüphaneden uzaklaştırılıp müderris yapıldı, ardından ta‘zîr cezasına çarptırılarak hapse konuldu. Daha sonra görevine iade edildi ve Sinan Paşa’nın padişahla arasının açılıp Seferihisar’a sürülmesi sırasında onunla beraber gitti.(1476). Beş yıl sonra Fâtih’in ölümünün ardından yine Sinan Paşa ile birlikte İstanbul’a döndü ve II. Bayezid tarafından Bursa Yıldırım Bayezid (veya Sultan Murad) Medresesi müderrisliğine tayin edildi. Arkasından sırasıyla Filibe’de Şehâbeddin Paşa, Edirne’de Dârülhadis, İstanbul’da Semâniye, Bursa’da Murâdiye ve muhtemelen tekrar İstanbul’da Semâniye medreselerinde müderrislik yaptı.
Molla Lutfi zındıklık ve ilhâd suçlamasıyla yargılandıktan sonra idam cezasına çarptırıldı ve 25 Rebîülâhir 900 (23 Ocak 1495) tarihinde cezası Atmeydanı’nda boynu vurulmak suretiyle infaz edilerek naaşı Eyüp’te Defterdar Mahmud Çelebi Mescidi yakınına gömüldü. Onun idamı geniş yankı uyandıran tarihî bir hadise teşkil etmiştir. Taşköprizâde’nin “eşi bulunmaz, üstün kişiliğe sahip rakipsiz bir âlim” dediği (eş-Şeḳāʾiḳ, s. 280) Molla Lutfi’nin idamının açıklanan sebebi her ne kadar zındıklık ise de bu hükmün gerçek sebebinin hemen bütün kaynaklar tarafından hasımlarının kıskançlık ve düşmanlığına bağlandığı görülmektedir.